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農村金融體制改革的目的就是要構建一個供求結構協調的農村金融新體系，即立足當前中國小康經濟發展階段下農村金融需求的特點，遵循“自下而上”的總體改革路徑，重塑法人治理結構完善、功能分工明確、市場競爭適度、可持續發展的農村金融體系。
人民銀行行長周小川指出：“農村金融與農村經濟是平等、互利互惠、良性互動的關系，不能靠擠壓農村金融發展農村經濟。”因此農村金融改革的著力點不僅僅在于解決農民貸款難問題，而應當是農村金融的健康發展和農村金融與農村經濟的良性互動。就我國農村金融發展現狀而言，融資需求與融資供給之間的結構性不匹配一直是制約農村金融改革發展的關鍵性難題，所以農村金融體制改革的目的就是要構建一個供求結構協調的農村金融新體系，即立足當前中國小康經濟發展階段下農村金融需求的特點，遵循“自下而上”的總體改革路徑，以市場資源和行政資源重塑機構和功能相互協調一致的法人治理結構完善、功能分工明確、市場競爭適度、多元化與多層次的可持續發展的農村金融體系。總結我國農村金融改革的經驗教訓，我們認為，在構建農村金融新體系時應遵循以下五方面的基本原則：
第一，治理結構完善原則。建立起一個法人治理結構完善的金融機構體系是我國整個金融改革的核心。完善的法人治理結構是金融機構進行金融產品和服務創新，實現經營發展可持續的基本前提條件。而在我國農村地區，金融機構將面臨市場和自然“雙重”風險，金融交易成本高、缺乏抵押品和風險高以及效益低等特點十分突出，更需要不斷探索新的金融產品和服務方式，因此我國農村金融改革首要的基本原則就是通過市場化的產權制度改革，引入“合格激勵約束主體”，構建一個法人治理結構完善的機構體系，同時積極引導和規范各類非正規金融，在提高機構經營效率的同時，有效實現金融資源的配置功能。
第二，功能分工明確原則。就世界農村金融發展的實踐和我國農村經濟發展的現狀而言，構建一個由政策性、商業性和合作性所組成的功能分工明確的“三元”農村金融機構體系是客觀的必然選擇。其中的關鍵問題是要對不同性質的農村金融機構功能進行明確的界定，并能相互補充、相互協作，形成合力。一是隨著農村經濟發展的巨大變革，農村政策性金融的職能定位要及時的隨之發生改變，要在原有支持糧棉油儲備生產的基礎上，增加對農牧業產業化、新農村建設以及農民的職業化教育培訓等方面的金融支持。更多地發揮其獨具的扶持和推進功能、市場補充和反向選擇功能、誘導與擴張功能、有機協調和專業服務功能。二是隨著城鄉一體化發展的不斷推進，尤其是東部沿海經濟發達的農村地區，大量從事農副產品生產加工和其他行業的中小微型企業、種養業大戶、農民專業合作組織以及家庭農場所引致的金融產品和服務需求，已完全能夠承載商業性金融的發展。三是大量從事小規模農業生產的農戶將在我國廣大農村地區長期存在，這些農戶仍是我國農村金融需求的絕對主體，“短、小、頻、急”是其金融需求的主要特點，因此，亟須真正由農戶參與并發揮主導作用的社區合作性金融。同時，應將合作性金融內嵌于農村合作經濟組織之中，通過合作性金融的互助合作與提供信息和咨詢功能，實現農村合作經濟組織的全要素合作，將產生于農村的經濟利潤盡可能多地留在農村，進而推動農村經濟發展能力的提升和水平的提高。
第三，多樣化與多層次原則。一方面，農村經濟發展過程中不斷產生的新的農村金融需求要求農村金融體系相應地做出動態調整。隨著國家“三農”政策的調整和農村經濟的發展，農村經濟主體的類型和生產經營活動也必然會出現新的特點，帶來金融需求相應發生變化。這些變動因素都需要一個多樣化的農村金融體系安排，并允許各地根據情況或發展的變化靈活選擇相應的農村金融體系；另一方面，一個“三元”化的多層次農村金融體系是符合農村經濟發展的現實需要的，這已被世界各國和我國長期農村金融改革發展的實踐經驗所反復證明是行之有效的。針對我國目前農村金融體系的發展現狀，要加快培育由廣大農民自愿參與并自主決策的合作金融體系；而對于處于轉型期的中國經濟來說，作為彌補市場“失靈”或“缺失”的一種手段，政策性金融對農村的一些重要基礎設施建設和開發項目以及各類扶持性措施都是必要的且將持續發揮重要作用。
第四，市場競爭適度原則。市場競爭有助于提高農村金融市場的運作效率，盡可能地在各個金融需求層次上讓金融供給方開展適度競爭，才能打破目前農村金融市場壟斷帶來的低效率。在市場原則下，競爭的壓力會迫使市場各參與主體發揮積極主動性，進行產品和服務創新與提高自身的素質，提升農村金融產品和服務的滿足度與農村金融市場的范圍不斷深化拓展。而競爭性農村金融市場的形成需要合格的市場參與主體，就我國目前農村金融市場的現狀來說，特別需要從外部引入不同產權形式的金融供給主體，或在原有機構中引入新的“合格激勵約束主體”，展開控制權爭奪和實施有效的市場退出機制，從而提高市場的競爭性和運作效率。在此需要特別提出的是，互聯網金融將為農村金融實現跨越式發展提供有利契機，監管部門應加強對此的合理引導，使其成為推動農村金融市場發展新的競爭“動力源”。
第五，政府合理引導原則。農村金融體系的建設完全靠市場經濟的無形之手來實現是不現實的，并可能喪失最可貴的時機，因此需要政府“有形之手”加以合理的引導。這是世界各國發展農村金融的共同做法。從我國當前的農村金融發展環境來說，政府合理的引導主要包括以下五個方面：一是建立健全農村金融法律規范，盡快構建起一套全面細致且具有較強可操作性的完善的涉農金融法律法規體系。二是協調整合各類涉農政策與支農資金，一方面將分散在不同政府部門的支持農村金融發展的政策進行統一協調，特別要加強政策信息方面的溝通和共享，找準不同政策之間的最有效的契合點，進而能夠最大化的發揮政策綜合效用；另一方面要不斷加大財政資金對“三農”的投入力度，同時要轉變過去那種“撒胡椒面式”的投入方式，整合國家各類涉農資金，以大力發展農村經濟合作組織為契機，并盡可能地以市場化方式通過農民經濟合作組織渠道來減少資金損失、提高資金效率。三是改革農村金融監管體制，針對目前農村地區監管力量的薄弱和有效監管協調機制缺失的弊端，在縣域建立“類綜合監管”體系。“類綜合監管”是指在地市級以上（含地市級）大中城市仍保持目前的分業監管模式，但在縣域構建以人民銀行為主導，銀監、證監、保監和地方政府配合參與，存款信用擔保機構和行業自律組織為補充的綜合監管體系。為農村金融市場的進一步放開和推動農村金融產品和服務方式的不斷創新保駕護航。四是加強農村居民金融知識普及宣傳與農村地區金融人才培養。政府要把普及農村地區金融知識和農村金融人才培養作為一項基礎性戰略性的重要工作來抓，要制定規劃、構建機制、采取靈活有效的方式，同時加強必要的人財物投入。五是創造良好的農村信用環境。各級地方政府要把加強信用體系建設，改善信用環境作為整頓和規范農村市場經濟秩序，改善農村投融資環境的重要工作來抓，通過政府和司法強制力改善農村信用環境。