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《通知》要求要以改善水環境質量為核心，按照“節水優先、空間均衡、系統治理、兩手發力”原則，貫徹“安全、清潔、健康”方針，強化源頭控制，水陸統籌、河海兼顧，對江河湖海實施分流域、分區域、分階段科學治理，系統推進水污染防治、水生態保護和水資源管理。堅持政府市場協同，注重改革創新；堅持全面依法推進，實行最嚴格環保制度；堅持落實各方責任，嚴格考核問責。
《通知》希望到2020年，實現全國水環境質量得到階段性改善，污染嚴重水體較大幅度減少，飲用水安全保障水平持續提升，地下水超采得到嚴格控制，地下水污染加劇趨勢得到初步遏制，近岸海域環境質量穩中趨好，京津冀、長三角、珠三角等區域水生態環境狀況有所好轉。到2030年，力爭全國水環境質量總體改善，水生態系統功能初步恢復。到本世紀中葉，生態環境質量全面改善，生態系統實現良性循環。
《通知》指出，我國正處于新型工業化、信息化、城鎮化和農業現代化快速發展階段，水污染防治任務繁重艱巨。為實現以上目標，行動計劃確定了十個方面的措施：
一是全面控制污染物排放。針對工業、城鎮生活、農業農村和船舶港口等污染來源，提出了相應的減排措施。
二是推動經濟結構轉型升級。加快淘汰落后產能，合理確定產業發展布局、結構和規模，以工業水、再生水和海水利用等推動循環發展。
三是著力節約保護水資源。實施最嚴格水資源管理制度，控制用水總量，提高用水效率，加強水量調度，保證重要河流生態流量。
四是強化科技支撐。推廣示范先進適用技術，加強基礎研究和前瞻技術研發，規范環保產業市場，加快發展環保服務業。
五是充分發揮市場機制作用。加快水價改革，完善收費政策，健全稅收政策，促進多元投資，建立有利于水環境治理的激勵機制。
六是嚴格環境執法監管。嚴懲各類環境違法行為和違規建設項目，加強行政執法與刑事司法銜接，健全水環境監測網絡。
七是切實加強水環境管理。強化環境治理目標管理，深化污染物總量控制制度，嚴格控制各類環境風險，全面推行排污許可。
八是全力保障水生態環境安全。保障飲用水水源安全，科學防治地下水污染，深化重點流域水污染防治，加強良好水體和海洋環境保護。整治城市黑臭水體，直轄市、省會城市、計劃單列市建成區于2017年底前基本消除黑臭水體。
九是明確和落實各方責任。強化地方政府水環境保護責任，落實排污單位主體責任，國家分流域、分區域、分海域逐年考核計劃實施情況，督促各方履責到位。
十是強化公眾參與和社會監督。國家定期公布水質最差、最好的10個城市名單和各省(區、市)水環境狀況。加強社會監督，構建全民行動格局。